En el Barranquete se halla la necrópolis más importante de la comarca con once enterramientos en Tholos excavados, datados en el año 2330 a. De C.. Era un pueblo megalítico capaz de desarrollar costumbres complejas basadas fundamentalmente en la industria del sílex y en la economía agrícola, introduciendo la importante novedad de la extracción y manipulación del cobre, convirtiéndose en cultura puente hacia la edad de los metales. El uso de la piedra mampuesta en murallas, fortines y enterramientos tumulares, la cerámica, decorada con motivos solares, los objetos de influencia oriental hallados en las tumbas y la explotación de los recursos mineros, caracterizan a estos primeros pobladores.

Sin ruptura drástica, aunque con notable evolución urbanística, aparece la cultura del Argar para sustituir a la de los Millares. Estos pobladores se caracterizan por la explotación y comercialización ordenada de los yacimientos minerales, los avances en técnicas agropecuarias, las vías de comunicación y logros de organización social fronteriza. No existen necrópolis, pues pasaron a enterrar a sus muertos individualmente en cistas o “Pithoi” (pithos). En la comarca de Níjar se han hallado yacimientos en el Marchal de Inox y el Cerro de los Tiestos, en el poblado de la Molatilla cerca de Las Negras, en Hortichuelas y cerca, en Sierra Alhamilla, en el cerro del Rayo y el cerro de Enmedio. Aparece ahora la planta cuadrada en la vivienda coexistiendo con la circular en lo que parece una mezcla de tradiciones de dudosa explicación.

El Cabo de Gata, al que los Fenicios llamaron Promontorio Charidemo (Promontorio de las Agatas), fue lugar de paso hacia Tartesos en su ruta de comercio. Fundaron Gadir (Cádiz) y situaron poblados y factorías desde Málaga a Villaricos, al norte de Almería. Aunque no se conocen restos materiales en la comarca, algunas citas hacen suponer una vía de comunicación entre ambas colonias a través de los campos de NíjarExpertos en la exportación de las riquezas minerales que hallaban en sus expediciones, los fenicios introdujeron los avances culturales de Egipto, Siria, Mesopotamia, etc.: creencias en el más allá, representación de la naturaleza en la decoración, cerámica a tormo, metalurgia del hierro, la escritura, industrias; en definitiva, las primeras bases sociales.

Durante el siglo VI a. d. C., la capital fenicia se traslada de Tiro a Cartago (Túnez); nace el período Púnico o Cartaginés y se inician los primeros intercambios comerciales con Grecia. En Huebro acampaban los púnicos y de esta época parece datar un templo en el Cabo, dedicado a una diosa marítima, tal vez Tartesia, que los griegos identificaron con Afrodita.

En la ``Ora marítima``, de Avieno se explica que después del ``promontorius Pityussa`` (punta del sabinar) y del ``sinus Urcitanus`` (Golfo de Almería) se llegaba al ``promontorium Veneris`` o montaña de Venus (Cabo de Gata). Según Schulten el ``lugun Veneris``, santuario de la Afrodita griega que también conocieron los romanos adjudicándolo a su Venus, debió estar situado en el Cerro de la Testa, en el mismo Cabo.

Entre 535-264 a. d. C. el Sureste de Iberia estuvo bajo la hegemonía púnica y la de sus famosos generales Almílcar, Asdrúbal y Aníbal. Tras las luchas de griegos y cartagineses, estos últimos pactaron con Roma (348) su control desde Mastia (Cartagena) hacia el oeste sobre Andalucía.

Con intereses mineros en Baria (Villaricos), Malaka, Sexi (Almuñécar ) y Abdera (Adra), la comarca de Níjar fue seguramente zona de paso, en la que no han quedado apenas referencias documentales ni arqueológicas.
Avieno nos habla de la zona: ``Al este del Guadiaro viven los feroces libifenices y los masienos. De Menaca (Málaga) al Cabo de Venus, se levantaron en otro tiempo numerosas ciudades con una muchedumbre fenicia después del Cabo se extiende un litoral vacío de habitantes y de suelo abyecto``. En la época de esplendor de la cultura ibérica, liderada aquí por los pueblos Bastetanos (Baza) que supieron resistir a tanta influencia externa, se tradujeron los estímulos culturales recibidos de manera autóctona y personal.
El ejército romano estaba entonces a punto de desembarcar en la costa de Gerona.

El desembarco de Roma en Ampurias (Gerona), en el año 218 a. De C., supondría el final del mundo cartaginés, llevando al Mediterráneo a un destino común: la unificación romana. Abundan los restos materiales de la época: cepos y ánforas en el Cabo de Gata y playas de San José, Cala Higuera, Escullos y Rodalquilar; villas, fábricas de salazón, enterramientos y restos de calzada romana y obras hidráulicas. La ocupación tardó 150 años en consolidarse, coincidiendo con la paz de Augusto. Hasta entonces, el interés de Roma giró en torno a la metalurgia en el Sudeste y en Níjar al oro de Rodalquilar, la actividad pesquera y las salinas. Los aljibes fueron realizados para el cultivo local y para abastecerse en las rutas hacia el interior.

Durante el año 711 y hasta 1492, Andalucía, será una sociedad árabe, con fases de dominio militar y cultural muy diferenciados.
Del 711 al 755 se vivió en la región un periodo de inestabilidad que acabó con la llegada del emir Abd-al-Rahman Y “el Emigrado” (756-788). Este ordena construir una torre vigía en la Chanca, sobre el actual puerto de Almería, y capta el apoyo de los Banú Hasán, tribu de yemeníes: la antigua Urci visigótica se convierte ahora en Urs-al-Yaman, “Urci de los yemeníes”, con capital en Pechina, al Norte del Almería. Abderramán II (822-852) amplio el puerto con la construcción de un arsenal, en la llamada “guerra de la Hoja de la Parra”, conflicto nacido en Lorca entre árabes del Norte y tribus Yemeníes, desterró a estos últimos que se instalaron con sus hermanos en Pechina. Entre los años 840 y 861, los constantes ataques normandos animaron al emir Omeya a construir fortalezas defensivas en la costa. La primera y más famosa se situó en Qabit Bani Aswad (Cabo de Gata), probablemente en la Fabriquilla. Este ribat (fortaleza de vida mística y querrera), hoy desaparecido, será la primera construcción comunal islámica de importancia en la comarca de Níjar. Junto al ribat de la Chanca, sirvió para afianzar el florecimiento de la provincia. Su defensa se confió a la familia de los Banú Sirach (“los hijos del sillero”), conocidos posteriormente como los Abencerrajes, quienes compartían con judios, muladíes (conversos al islam) y mozárabes el control del valle de Pechina. Al final del gobierno de Muhammad I (852-886) se produce la llegada de “los Marinos mozárabes y muladíes españoles que habían huido de Cartagena, en la Cora de Tudmir (Murcia). Pasados los conflictos iniciales de convivencia, ambos grupos pactaron el nacimiento de la República marítima y comercial de Pechina, independiente de la Cora de Elvira (Granada) y hermanada con Túnez y El Magreb para el control del Mar de Alborán. Se centralizó la actividad en el fondeadero de la Chanca, comerciándose con esclavos, artesanía, productos agrícolas y tejidos; es la floreciente época de La Seda. Los árabes de Elvira atacaron Pechina en represalia, solicitando protección a Córdoba a cambio de vasallaje. El emir Abd-Alláh (888-912) accede a incorporar Pechina al gobierno central Omeya, creando la Cora de Bayyana. Se fortificó Marchena y La Chanca en torno a Al-Mariyat (traducido por unos como “torre vigía” y por otros como “La del mar de espejo”) y toda la zona desde Alhama hasta Níjar por la costa y al Norte hasta Purchena, creando un total de veinte plazas fortificadas, dándose aquí y ahora la orden de fundación de Níjar sobre las ruinas de un remoto pasado.

En 912, subió al trono el emir Abderramán III, Al Nasir “El Protector”, que se proclamará Califa en el 929 y reinará hasta el 961. Decidido a terminar con la inestabilidad de Al-Andalus, inaugura una etapa de esplendor que durará casi un siglo. De su reinado interesa resaltar que en el 915, la República de Pechina se somete totalmente al poder central del nuevo Califa, aceptando a un cadí cordobés como gobernador de la cora. Se consolida el sistema de torres y alcazabas (fundación árabe de Níjar) para hacer frente a la amenaza de los fatimíes, quienes tras largos años de hostilidades atacaron Almería en el 955,. Estas incursiones animaron al Califa a fortificar la Medina de Almariya, propiciando la fundación de Almería capital y el comienzo de la decadencia de Pechina. Siguieron años alternativos de crisis y esplendor, reinos de Taifas, (1010-1091) con Jayrán, gobernador de Almanzor, Zuhayr Almotacín (1037-1091), los almorávides (1091-1147), alfonso VI y VII, con la primera conquista cristiana (1147-1157) y la reconquista almohade (1157-1238). De todo ello podemos citar como episodios genuinamente nijareños el desembarco de los genoveses en 1147, en la playa que hoy lleva su nombre, cuando Alfonso VII, al mando de una flota confederada cristiana, se decidió a terminar con el pirateo incontrolado que realizaba la República de Pechina en el mar de Alborán.

También debió sucumbir Níjar en 1169, al caer Almería en manos de Ibn Mardanis “el rey lobo”, aliado de Alfonso VII.
En 1225 Ibn Hud de Murcia se alza contra los almohades de Almería y en 1228 conquista Níjar, con otra posible destrucción de la fortaleza. Desde entonces hasta 1488, se instala el reino Nazarí de Granada, durante el cual se fundan los castillos de Huebro, Inox y Tarbal, las torres vigía de la costa y el fuerte de Rodalquilar. De esta época tenemos noticias sobre Al-Hawan, Agua Amarga, como asentamiento humano estable (1348), y del fondeadero de Chávala (San Pedro).
No volvemos a saber de Níjar hasta cuando capitula su taha, que incluía también Turrillas y Lucainena en el verano de 1488 ante las tropas de los Reyes Católicos. Debe datar de este momento la adopción de San Sebastián como patrón de Níjar y a él se consagró una ermita, hoy desaparecida, que se alzaba al inicio de la cuesta de la actual calle de la Carrera.
Cayó Almería en 1489 y Granada en 1492, finalizando ocho siglos de cultura árabe. Con el s. XVI se inicia el periodo Morisco.

La capitulación de Granada en 1492 garantizaba a los derrotados libertad de culto musulmán. Los mudéjares convivían con los cristianos desde el s. XI, respetándose sus costumbres, mezquitas, casas y trabajo a cambio de tributo. Aparecen ahora los abusos de los colonos cristianos que acaban con una revuelta en Níjar en 1501, esclavizando y vendiendo a sus pobladores. La ley pragmática de 1502 obliga a los mudéjares a abjurar de su religión o el exilio. Los que se quedaron, aunque aferrados a su fe y costumbres, se llamaron moriscos. Conoció Níjar una difícil etapa de convivencia (1502-1568): los cristianos viejos aprendieron técnicas agrícolas de regadío de los moriscos, el cultivo del moral y la morera para la actividad artesanal del tejido de seda; la carpintería, el esparto, la alfarería y también el pastoreo comarcal de cabras, lanar y vacuno desde la sierra a los llanos de la costa.
Se comienza a construir la iglesia, con tres naves, aprovechando la dimensión de la torre fortaleza de la antigua mezquita: cabecera con arco apuntado y coro trasero, muros encalados y techo artesonado de magnífica conservación y belleza. La iglesia de Huebro era de parecidas características.

Lucainena, Turrillas, Níjar, Inox, Tarbal y la Matanza fueron los principales núcleos habitados hasta la sublevación morisca de 1568 y la expulsión definitiva en 1570.

Durante las revueltas de Navidad de 1568, las familias moriscas de toda la comarca de Níjar se refugiaron en el castillo del Peñon de Inox, a la espera de embarcar hacia África. Informados los cristianos, llegaron con ejércitos de mercenarios saqueadores venidos de toda la península, tomaron el cerro y obtuvieron 3000 esclavos entre mujeres y niños. Fue el célebre “negocio de Inox” concluido junto al que hoy se recuerda como “el poblado de la Matanza”. Después de esta guerra la población de Almería quedó reducida a 7000 habitantes.

En 1571, Níjar contaba con una población morisca dispersa, oculta en las sierras. Salvo la villa, todos los pueblos estaban abandonados desde Almería a Mojácar (1574). Llegaron escalonadamente repobladores desde Cazorla, levantinos, castellanos, aragoneses y extremeños, en total 170 personas (cuarenta y cinco eran soldados). La repoblación fracasó y tuvieron que pasar más de cien años para que la comarca recobrara la población de la etapa morisca. Comenzaba el s. XVII, el siglo oscuro de Níjar.

A partir del año 1600, el hábitat de la comarca fue configurado de forma definitiva por los asaltos de los bereberes y piratas desde la costa, por fuertes y frecuentes terremotos, plagas de langosta, peste y los inmensos rebaños (hasta 600.000 cabezas de ganado) de las oligarquías ganaderas de Granada y Baza. (la Mesta, heredera de las rutas de trashumancia nazaríes) que venían a pastar en la comarca, colaborando en la desertización del paisaje.

A mediados de s. XVIII Carlos III promulga el reglamento de defensa de la costa.

Existían, desde la expulsión de los moriscos, fuertes (San Pedro y San Ramón en Rodalquilar) que contaron con guarnición y varias torres que, desatendidas por inseguras, no sirvieron para estabilizar la región. Antes de finalizar el siglo, se restauran y construyen otros nuevos como el castillo de San Felipe en los Escullos (1771); el de San José, del que hoy sólo quedan los cimientos; San Ramón, en el Playazo de Rodalquilar, y San Francisco de Paula, en el Cabo de Gata (desmantelado). Hasta este momento los asaltos de piratas y desembarcos de naves africanas tuvieron en vilo a la Compañía de Milicia urbana de Níjar, que atendía desde la Torre de Mesa Roldán hasta la de la Vela Blanca y el Castillo de San Francisco de Paula en Cabo de Gata. La mejora proporcionada por este sistema favoreció la consolidación de núcleos de población como Fernán Pérez, Pozo de los Frailes, Escullos, Cala Higuera y los pescadores de la Almadraba de Cabo de Gata, inaugurándose un nuevo esquema de hábitat ajeno al modelo heredado de la etapa islámica. En la última década del siglo se crea el Marquesado de Campohermoso. Desde ahora y hasta mediados del XIX la ganadería y el secano cerealista, la pequeña propiedad y la dispersión parcelar se adueñaron de la comarca, generándose un aumento de la población.

La tecnología de los s. XIX y XX posibilitó nuevos métodos de extracción, manipulación y transporte de minerales. Las minas volvieron a rendir. Se construyeron ferrocarriles, cables, descargaderos, poblados, acueductos, faros y carreteras. Una apariencia de prosperidad volvía a las sierras del Cabo de Gata, la población aumentó a 14.000 habitantes (1900). Es la época de las canteras de plomo, cuando cables transportadores iban desde los riscos del Colativí y Huebro hasta Cabo de Gata y el ferrocarril de Lucainena llevaba mineral al descargadero de Agua Amarga. Duró hasta 1930, cuando comienza la fase del oro en Rodalquilar. Al iniciarse la explotación los vecinos llegaban al millar; al finalizar, en los años 60, el poblado estaba abandonado. Hoy, al igual que las explotaciones de Sierra Alhamilla, son sólo testigos silenciosos del pasado.
Rodalquilar ofrece los elementos propios de la explotación de un yacimiento de oro; poblado de trabajadores, con iglesia y viviendas de sabor colonial, escuela, cuartel, almacenes, edificio de lavado, molido y pulverización, bancadas para la cianuración, cubas cilíndricas de precipitación, grandes estructuras de hormigón armado teñido en tonos rojizos, por efecto del óxido y un paisaje de roca lavada en forma de pequeños cañones. Es un ejemplo de arqueología industrial de insólita y sugerente belleza.
La historia de la comarca de Níjar, desde 1970, aún está en fase de cristalización.